Actualités
Actualités Gadgets

Les chercheurs de NVIDIA et de Harvard utilisent l’IA pour analyser les génomes plus rapidement et à moindre coût


Scientifiques de NVIDIA et Harvard a fait une percée majeure dans la recherche génétique. Ils ont développé une boîte à outils d’apprentissage en profondeur qui pourrait réduire considérablement le temps et le coût requis pour exécuter des expériences rares et monocellulaires. Selon une étude publiée ci-dessus Communications de la nature, la boîte à outils AtacWorks peut exécuter des inférences à travers le génome, un processus qui prend généralement un peu plus de deux jours, en seulement une demi-heure. Il est capable de le faire grâce au GPU Tensor Core de NVIDIA.

AtacWorks fonctionne avec ATAC-seq, une méthode bien conçue pour trouver des régions ouvertes dans le génome des cellules saines et malades. Ces «zones ouvertes» sont des appendices de l’ADN d’une personne qui sont utilisés pour identifier et activer des fonctions spécifiques (pensez cellules hépatiques, sanguines ou cutanées). C’est la partie du génome d’une personne qui peut donner aux scientifiques une indication sur le fait qu’une personne pourrait être atteinte de la maladie d’Alzheimer, d’une maladie cardiaque ou d’un cancer.

ATAC-secondes nécessite généralement l’analyse de dizaines de milliers de cellules, mais AtacWorks peut obtenir les mêmes résultats en utilisant seulement des dizaines de cellules. Les chercheurs ont également appliqué AtacWorks à un ensemble de données de cellules souches qui produisent des globules rouges et des globules blancs, sous-types qui ne peuvent normalement pas être étudiés à l’aide de méthodes traditionnelles. Mais avec AtacWorks, ils ont pu identifier les différentes parties de l’ADN associées aux globules blancs et rouges correspondants.

La capacité d’analyser les génomes plus rapidement et à moindre coût contribuera grandement à identifier des mutations ou des biomarqueurs spécifiques qui peuvent conduire à certaines maladies. Cela peut même aider à détecter les médicaments en aidant les chercheurs à comprendre comment la maladie fonctionne.

« Pour les types de cellules très rares, il n’est pas possible d’étudier les différences dans leur ADN en utilisant les méthodes existantes », a déclaré le chercheur NVIDIA et auteur principal de l’article. « AtacWorks peut non seulement aider à réduire le coût de la collecte de données pour l’accessibilité des chromosomes, mais aussi ouvrir de nouvelles possibilités dans la détection et le diagnostic des médicaments. »



Source link

Laissez un commentaire